최근의 보도에 따르면, 사법제도개혁추진위원회(이하 사개추위)는 고등법원에 상고부를 설치하는 방안에 대해 실무위원회에서 합의했다고 한다. 즉 3심을 담당하는 법원을 이원화하여 대법원은 중요한 사건에 대한 최종심을 맡고 나머지 사건에 대한 3심은 신설하는 고등법원 상고부에서 처리하겠다는 방침인데, 대법원에 상고심 소송이 갈수록 폭증하는 현실을 감안할 때에 불가피한 선택이라고 볼 수도 있다.

그러나 특허쟁송사건에 관해 이번 사개추위의 안을 그대로 적용할 경우 심각한 문제점들이 발생한다. 즉 민사적 성격의 특허침해소송은 소송가액에 따라 상고심을 5개 고등법원 상고부와 대법원으로 이원화하고, 심판계 소송의 상고심은 권리의 종류에 따라 구분하여 현행과 같은 대법원이나 고등법원 상고부로 나뉘게 된다.
이처럼 처리절차가 복잡하게 이원화되면 동일한 권리에 모순된 판결이 나와서 사법부에 대한 불신이 고조될 우려가 더욱 커질 뿐만 아니라, 신속한 분쟁처리가 곤란하여 소송당사자의 권익을 침해하고 국가 산업경쟁력에도 악영향을 미칠 가능성이 크다. 
미국, 일본, 영국 등 선진국들은 특허침해소송이건 심판계 특허소송이건 관계없이 사실심리가 가능한 항소심 단계에서부터 관할을 집중하고 법률심인 최종심은 일원화하여 운영하고 있다. 우리는 현재에도 항소심부터가 특허침해소송과 심판계 소송에 따라 관할이 일반 고등법원과 특허법원으로 나뉘어 있는 마당에, 사개추위의 이번 방안은 특허소송의 관할 집중이라는 세계적인 추세에 더욱 역행하는 것이며 특허소송의 전문성을 저해할 우려가 매우 크다.

따라서 전국 관할인 특허법원에 상고부를 설치하여 특허침해소송과 심판계 소송의 3심을 담당하게 함으로써, 전문성을 강화해야할 것이다. 또한 차제에 특허침해소송의 2심을 특허법원으로 관할 집중하여 특허법원이 그동안 '반쪽 기능'에 머물렀다는 비판을 불식하고, 특허침해소송 1심 역시 일부 지방법원에 특허전문 재판부를 설치하는 방안 등으로 가급적 관할을 집중하는 방향으로 나아가야할 것이다.   
아울러 예전부터 논의되었던 기술판사제도를 도입하거나, 기술심판관이나 참심제도 등으로 전문성을 더욱 강화하는 방안도 더욱 적극적으로 검토하여야 할 것이다.  우리보다 특허법원의 설치가 뒤늦었던 일본에서조차 기술판사제도의 도입은 우리를 앞지르고 있다. 반드시 바람직하다고만 할 수는 없겠지만, 지적재산권체제가 매우 비슷하여 툭하면 일본을 따라가기에 바쁜 우리 법조계가 기술판사제의 도입 등에서는 진척이 매우 더딘 이유를 이해하기 어렵다.

이와 같은 제도의 개선은 편협한 직역 다툼의 차원에서 볼 것이 아니라, 나라의 장래를 위한다는 보다 대승적인 견지에서 바라보아야 할 것이다. 사개추위의 제도 개선은 사법계만을 위해서가 아니라 국가의 주인인 국민의 권익 증진을 위해서 하는 것이다. 특허 등의 지적재산권에 관련된 제도 개선 역시 주로 사용할 과학기술인의 권익을 위하고 과학기술의 발전과 산업경쟁력 강화라는 관점에서 추진되어야 한다는 점을 항상 명심해야 할 것이다.