다른 사람들 의견

• Simon (05-12-04 01:11)

    트리졸이라는 것은 전 모르겠고 포름알데히드나 글루타알데히드는 압니다. 포름알데히드에 세포 샘플을 넣는 순간, 그것은 DNA 검사용이라기 보다는 fixation하기 위함입니다. 포름알데히드나 글루타알데히드 공히 fixative이죠. 대개 Light Microscope이나 Electron Micrograph를 보고 싶을 때, 세포 키우다 그놈 그대로 배양접시에 담은 채로 현미경 센터에 가져가는 것이 아니고, 포름알데히드나 글루타 알데히드에 키우던 상태에서 "딱 그대로 멈춰!" 라는 주문과 함께 "상태를 그대로 보존/고정시킨 채" 저온 (냉장)에 보관한 후 얼마 시간이 흐르고 나서 현미경 밑에 보기 위해 resin 작업을 해주든지 후처리 작업을 합니다. DNA 혹은 RNA 추출을 하기 전에 세포를 담아 놓는 용액은, 적어도 포름알데히드는 아닙니다. 일단 포름알데히드는...(물론 sterile하여 EM level, LM level, 그리고 non sterile 등등 여러 종류가 있겠으나) 그 안에 세포를 집어 넣었다 뺀 것은, DNA 검사나 - RNA 검사를 위해서는 적당한 상태가 아닌 것으로 알고 있습니다. RNA later 혹은 DNA면 DNA later라는 게 있는지 모르지만 - 같은 별도의 용액에 넣어 보관을 하든지, 아니면, 다른 종류의 독성 강한 lysus buffer에 넣어 바로 isolation 작업에 들어가든지 그러지, 포름알데히드에 넣었다가 다시 꺼내서 그걸가지고 DNA 추출에 쓴다는 얘기는 조금 당황스럽습니다. 그대로 현미경 밑에 관찰하기 위해 쓰일 수는 있겠지만 말입니다.
  
  MBC가 대동했다는 분자생물학자가 "마침 트리졸이 없자 포름알데히드"에 세포를 담아가자고 했다면,
  
  그 양반은 fixation이나 현미경 관찰에는 전문가일지 몰라도,
  DNA 추출하거나 RNA isolation해서 PCR하는 것은 모르는 양반 같네요.
  
  저 같으면...별도의 마이크로튜브에다가 세포들을 모아서, DMSO 처리한 다음에, 박스 안에 드라이아이스 가득 채워서 조심스레 운반하든지,
  
  아니면, 가지고 간 차량 뒷좌석에 37C와 CO2를 공급해 주는 탱크까지 장착해서, 차량 뒷 트렁크를 아예 "인큐베이터"로 만든 다음에, 황교수 랩에서 받은 쌤플을 그대로 내 차 뒤트렁크의 그 인큐베이터로 옮긴 다음, 시속 20 km로 조짐스레 경찰의 호위를 받으며 운반했을 것 같습니다.
  
  포름알데히드에 넣으면...그게...포름알데히드 안에 들어 있던 다른 Genomic DNA나 예상못할 쓰레기들이랑 함께 만날 우려가 많을 것 같은데요?

  트리졸이라는 것은 전 모르겠고 포름알데히드나 글루타알데히드는 압니다. 포름알데히드에 세포 샘플을 넣는 순간, 그것은 DNA 검사용이라기 보다는 fixation하기 위함입니다. 포름알데히드나 글루타알데히드 공히 fixative이죠. 대개 Light Microscope이나 Electron Micrograph를 보고 싶을 때, 세포 키우다 그놈 그대로 배양접시에 담은 채로 현미경 센터에 가져가는 것이 아니고, 포름알데히드나 글루타 알데히드에 키우던 상태에서 "딱 그대로 멈춰!" 라는 주문과 함께 "상태를 그대로 보존/고정시킨 채" 저온 (냉장)에 보관한 후 얼마 시간이 흐르고 나서 현미경 밑에 보기 위해 resin 작업을 해주든지 후처리 작업을 합니다. DNA 혹은 RNA 추출을 하기 전에 세포를 담아 놓는 용액은, 적어도 포름알데히드는 아닙니다. 일단 포름알데히드는...(물론 sterile하여 EM level, LM level, 그리고 non sterile 등등 여러 종류가 있겠으나) 그 안에 세포를 집어 넣었다 뺀 것은, DNA 검사나 - RNA 검사를 위해서는 적당한 상태가 아닌 것으로 알고 있습니다. RNA later 혹은 DNA면 DNA later라는 게 있는지 모르지만 - 같은 별도의 용액에 넣어 보관을 하든지, 아니면, 다른 종류의 독성 강한 lysus buffer에 넣어 바로 isolation 작업에 들어가든지 그러지, 포름알데히드에 넣었다가 다시 꺼내서 그걸가지고 DNA 추출에 쓴다는 얘기는 조금 당황스럽습니다. 그대로 현미경 밑에 관찰하기 위해 쓰일 수는 있겠지만 말입니다. MBC가 대동했다는 분자생물학자가 "마침 트리졸이 없자 포름알데히드"에 세포를 담아가자고 했다면, 그 양반은 fixation이나 현미경 관찰에는 전문가일지 몰라도, DNA 추출하거나 RNA isolation해서 PCR하는 것은 모르는 양반 같네요. 저 같으면...별도의 마이크로튜브에다가 세포들을 모아서, DMSO 처리한 다음에, 박스 안에 드라이아이스 가득 채워서 조심스레 운반하든지, 아니면, 가지고 간 차량 뒷좌석에 37C와 CO2를 공급해 주는 탱크까지 장착해서, 차량 뒷 트렁크를 아예 "인큐베이터"로 만든 다음에, 황교수 랩에서 받은 쌤플을 그대로 내 차 뒤트렁크의 그 인큐베이터로 옮긴 다음, 시속 20 km로 조짐스레 경찰의 호위를 받으며 운반했을 것 같습니다. 포름알데히드에 넣으면...그게...포름알데히드 안에 들어 있던 다른 Genomic DNA나 예상못할 쓰레기들이랑 함께 만날 우려가 많을 것 같은데요?
• SMNcomplex (05-12-04 01:30)

    First of all, I am so sorry for writing in English.  I am working in the lab right now (in the US) and somehow it is very difficult to write in Korean on the lab computer. Anyway...
  
  Trizol is the reagent made by a company "invitrogen".  It is made of Phenol and some other chemicals (I do not remember them right now but you can find it very easily on Google) and used to extract DNA, RNA or protein from tissues or cells. If you put your cells or tissues into Trizol, the solution lyses cells or tissues very quickly (in 10 to 15 min).  You CANNOT store cells or tissues in Trizol.....  Formaldehyde (HCHO) is a chemical to fix the cells or tissues.  If you treat cells/tissues with HCHO, majority of the nucleic acids or proteins in the cells will be crosslinked (forms covalent bonds between the molecules) to nearby proteins or other nucleic acids. Treatment of HCHO is usually used for IF(immunofluorescence) or in situ hybridization.  This is also used for ChiP (Chromatin Immunoprecipitation) assay. In this case, chromatin associated proteins are crosslinked to genomic DNAs. To analyze the genomic DNAs treated with HCHO, one need to use proteinase K to digest all the proteins crosslinked to genomic DNAs. Then you can do PCR analysis of genomic DNA. So far I talked about a few examples of HCHO and Trizol usages in Molecular Biology.  They can be also used for other purposes.  But not for the cell storage for sure.
  
  What I am GUESSING from the question is that they might try to put stem cells immediately to the solutions so they can carry the genomic DNAs easily (Room temp, no worry about contamination or degradation of genomic DNAs). 
  
  For DNAs in Trizol, you can mix with isopropanol later to precipitate DNA and further use it for PCR analysis or whatever analysis.  For DNAs in HCHO, you must treat proteinase K to get rid of proteins crosslinked to genomic DNA first otherwise it is impossible to do PCR analysis. Please read this only as a SCIENTIFIC ANSWER.  I might post my opinion later about the recent issues caused by Dr. Hwang.

  First of all, I am so sorry for writing in English. I am working in the lab right now (in the US) and somehow it is very difficult to write in Korean on the lab computer. Anyway... Trizol is the reagent made by a company "invitrogen". It is made of Phenol and some other chemicals (I do not remember them right now but you can find it very easily on Google) and used to extract DNA, RNA or protein from tissues or cells. If you put your cells or tissues into Trizol, the solution lyses cells or tissues very quickly (in 10 to 15 min). You CANNOT store cells or tissues in Trizol..... Formaldehyde (HCHO) is a chemical to fix the cells or tissues. If you treat cells/tissues with HCHO, majority of the nucleic acids or proteins in the cells will be crosslinked (forms covalent bonds between the molecules) to nearby proteins or other nucleic acids. Treatment of HCHO is usually used for IF(immunofluorescence) or in situ hybridization. This is also used for ChiP (Chromatin Immunoprecipitation) assay. In this case, chromatin associated proteins are crosslinked to genomic DNAs. To analyze the genomic DNAs treated with HCHO, one need to use proteinase K to digest all the proteins crosslinked to genomic DNAs. Then you can do PCR analysis of genomic DNA. So far I talked about a few examples of HCHO and Trizol usages in Molecular Biology. They can be also used for other purposes. But not for the cell storage for sure. What I am GUESSING from the question is that they might try to put stem cells immediately to the solutions so they can carry the genomic DNAs easily (Room temp, no worry about contamination or degradation of genomic DNAs). For DNAs in Trizol, you can mix with isopropanol later to precipitate DNA and further use it for PCR analysis or whatever analysis. For DNAs in HCHO, you must treat proteinase K to get rid of proteins crosslinked to genomic DNA first otherwise it is impossible to do PCR analysis. Please read this only as a SCIENTIFIC ANSWER. I might post my opinion later about the recent issues caused by Dr. Hwang.
• takara (05-12-04 01:32)

    simon님의 말씀 중 이해하기 어려운 부분이 있네요.
  포름알데히드에 들어있던 다른 genomic DNA와 예상못할 쓰레기가 무엇인가요?
  병원에서는 포름알데히드에 고정했던 조직으로 DNA work을 많이 합니다.
  포름알데히드에 고정하면 PCR product의 질이 좀 떨어지긴 하지만 대개는 만족할만한 결과물이 나옵니다.
  자신이 아나스타샤라고 주장하다가 사망한 할머니가 아나스타샤가 아니라는 것을 증명할 때도 그 사람이 맹장수술 받은 병리샘플을 이용했습니다.
  병리샘플은 당연히 포르말린에 고정했던 조직이죠.
  포르말린에 다른 genomic DNA가 들어있다면 병원에서는 실험 제대로 못합니다.

  simon님의 말씀 중 이해하기 어려운 부분이 있네요. 포름알데히드에 들어있던 다른 genomic DNA와 예상못할 쓰레기가 무엇인가요? 병원에서는 포름알데히드에 고정했던 조직으로 DNA work을 많이 합니다. 포름알데히드에 고정하면 PCR product의 질이 좀 떨어지긴 하지만 대개는 만족할만한 결과물이 나옵니다. 자신이 아나스타샤라고 주장하다가 사망한 할머니가 아나스타샤가 아니라는 것을 증명할 때도 그 사람이 맹장수술 받은 병리샘플을 이용했습니다. 병리샘플은 당연히 포르말린에 고정했던 조직이죠. 포르말린에 다른 genomic DNA가 들어있다면 병원에서는 실험 제대로 못합니다.
• Simon (05-12-04 01:39)

    포름알데히드에 고정했던 조직으로 DNA work 하는지 몰랐습니다. 다만, 저라면 포름알데히드에 넣었던 것은 사용 안 할 것 같습니다. 포름알데히드의 여러 등급이 있을 텐데, 저분들이 고정액으로 전달 받은 것이 아무 문제 없는 깨끗한 것이었을지 쓰레기가 안에 들어 있었는데, 내 세포를 보관할 수 있을 것인지? 의심해 보았을 것이기에 포름알데히드에 넣지는 않았을 것 같습니다.

  포름알데히드에 고정했던 조직으로 DNA work 하는지 몰랐습니다. 다만, 저라면 포름알데히드에 넣었던 것은 사용 안 할 것 같습니다. 포름알데히드의 여러 등급이 있을 텐데, 저분들이 고정액으로 전달 받은 것이 아무 문제 없는 깨끗한 것이었을지 쓰레기가 안에 들어 있었는데, 내 세포를 보관할 수 있을 것인지? 의심해 보았을 것이기에 포름알데히드에 넣지는 않았을 것 같습니다.
• takara (05-12-04 01:44)

    제 생각에도 파라포름알데히드에 샘플을 넣은 것은 MBC의 실수입니다.
  하지만 고정액에 genomic DNA는 안들어가 있습니다.
  만약 들어가 있다면 오염된 불량품입니다.
  따라서 고정액에 불순물이 들어있을 것이라는 의심은 기우입니다.
  MBC가 고정액을 넣은 이유는 세포의 변질을 막기 위해서였을 것입니다.
  고정액으로 고정한 샘플로도 DNA 검사를 많이 하는 병원에서는 방부제 역할을 하는 고정액을 권했겠죠.
  하지만 줄기세포가 아주 소량이었다면 고정액에 담근 뒤 PCR의 민감도가 다소 떨어질 수 있을 것입니다.
  그렇다고 해도 고정액에 담근 샘플의 유전자가 전혀 엉뚱한 유전자 지문을 보이는 것은 불가능합니다.
  따라서 피디수첩의 실험에서 명확한 유전자 지문이 검출된 샘플이 황우석 교수의 논문에 나오는 줄기세포주 11개 중 어느 것과도 일치하지 않는다는 점은 매우 중요한 포인트입니다.

  제 생각에도 파라포름알데히드에 샘플을 넣은 것은 MBC의 실수입니다. 하지만 고정액에 genomic DNA는 안들어가 있습니다. 만약 들어가 있다면 오염된 불량품입니다. 따라서 고정액에 불순물이 들어있을 것이라는 의심은 기우입니다. MBC가 고정액을 넣은 이유는 세포의 변질을 막기 위해서였을 것입니다. 고정액으로 고정한 샘플로도 DNA 검사를 많이 하는 병원에서는 방부제 역할을 하는 고정액을 권했겠죠. 하지만 줄기세포가 아주 소량이었다면 고정액에 담근 뒤 PCR의 민감도가 다소 떨어질 수 있을 것입니다. 그렇다고 해도 고정액에 담근 샘플의 유전자가 전혀 엉뚱한 유전자 지문을 보이는 것은 불가능합니다. 따라서 피디수첩의 실험에서 명확한 유전자 지문이 검출된 샘플이 황우석 교수의 논문에 나오는 줄기세포주 11개 중 어느 것과도 일치하지 않는다는 점은 매우 중요한 포인트입니다.
• SMNcomplex (05-12-04 01:47)

    There are two different formaldehydes (in terms of concentration) used in Biology field. Because they are not stable, companies make them as 10% or 37% formaldehyde solutions. For 37% solution it also contains methanol (MeOH) as a preservative. 10% solution has no preservative (such as MeOH) as far as I know, and people prefer to use it for IF or in situ experiments (because it reduces the background) . But regarding fixing cells, in my hand, both work just fine.  I am sure they used molecular biology grade formaldehyde (this is one of cheap chemicals). 

  There are two different formaldehydes (in terms of concentration) used in Biology field. Because they are not stable, companies make them as 10% or 37% formaldehyde solutions. For 37% solution it also contains methanol (MeOH) as a preservative. 10% solution has no preservative (such as MeOH) as far as I know, and people prefer to use it for IF or in situ experiments (because it reduces the background) . But regarding fixing cells, in my hand, both work just fine. I am sure they used molecular biology grade formaldehyde (this is one of cheap chemicals).
• SMNcomplex (05-12-04 01:53)

    takara/ This is no offense and nothing personal.  But do you know the difference between formaldehyde or PARAformaldehyde?  As far as I know, they are slightly different (paraformaldehyde is the chain of formaldehyde molecules, so people use it in different applications).  The above article quoted says "formaldehyde".  Just minor point though....

  takara/ This is no offense and nothing personal. But do you know the difference between formaldehyde or PARAformaldehyde? As far as I know, they are slightly different (paraformaldehyde is the chain of formaldehyde molecules, so people use it in different applications). The above article quoted says "formaldehyde". Just minor point though....
• takara (05-12-04 01:57)

    포름알데히드와 파라포름알데히드는 쓰임새가 좀 다르지요. 저도 파라포름알데히드는 사용해본 적이 없습니다만 신경이나 근육세포를 가지고 특수염색을 할 때 사용하는 걸 본 적은 있습니다.  그러니까 저도 특수한 용도의 조직 처리나 염색을 할 때 사용한다는 것 이상은 모릅니다.  어느 것이든 고정액이라는 점에서는 동일하죠.  더 자세한 내용을 꼭 알고 싶으시면 저도 레퍼런스를 좀 찾아봐야 합니다.

  포름알데히드와 파라포름알데히드는 쓰임새가 좀 다르지요. 저도 파라포름알데히드는 사용해본 적이 없습니다만 신경이나 근육세포를 가지고 특수염색을 할 때 사용하는 걸 본 적은 있습니다. 그러니까 저도 특수한 용도의 조직 처리나 염색을 할 때 사용한다는 것 이상은 모릅니다. 어느 것이든 고정액이라는 점에서는 동일하죠. 더 자세한 내용을 꼭 알고 싶으시면 저도 레퍼런스를 좀 찾아봐야 합니다.
• takara (05-12-04 02:00)

    아, 그리고 메드라인에서 paraformaldehyde로 검색하면 신경과학 관련 논문 일색입니다.

  아, 그리고 메드라인에서 paraformaldehyde로 검색하면 신경과학 관련 논문 일색입니다.
• Simon (05-12-04 02:01)

    괜시리 제가 어줍짢게 황교수팀 편을 드는 형국으로 비추어지는데...
  
  takara님께서 제게 다음의 확신만 주신다면, PD 수첩이 얻은 결과에 관해 (혹은 국과수 분석 데이터) 저도 신뢰를 주겠습니다. 그것은:
  
  1) PCR 하기 위해 MBC에서 사용한 primer가 적절했는지?
  2) mouse cell line을 feeder cell로 사용했다는 것을 저는 이번에 처음 알았는데, MBC에서는 이미 알고 있었고 MBC가 검증할 때에도 그런 것은 기본적으로 모두 제대로 고려하고 실험했는지 여부
  
  입니다. 위 두가지 점을 확실히 해준다면, 즉 MBC에서 검증하는 과정 중에 기술적으로 큰 문제가 없었다는 확신을 준다면, takara님 말씀을 믿겠습니다. 그 전까지는,
  
  MBC측이 의뢰했던 검증 방법에는 의문점이 분명히 있습니다.

  괜시리 제가 어줍짢게 황교수팀 편을 드는 형국으로 비추어지는데... takara님께서 제게 다음의 확신만 주신다면, PD 수첩이 얻은 결과에 관해 (혹은 국과수 분석 데이터) 저도 신뢰를 주겠습니다. 그것은: 1) PCR 하기 위해 MBC에서 사용한 primer가 적절했는지? 2) mouse cell line을 feeder cell로 사용했다는 것을 저는 이번에 처음 알았는데, MBC에서는 이미 알고 있었고 MBC가 검증할 때에도 그런 것은 기본적으로 모두 제대로 고려하고 실험했는지 여부 입니다. 위 두가지 점을 확실히 해준다면, 즉 MBC에서 검증하는 과정 중에 기술적으로 큰 문제가 없었다는 확신을 준다면, takara님 말씀을 믿겠습니다. 그 전까지는, MBC측이 의뢰했던 검증 방법에는 의문점이 분명히 있습니다.
• takara (05-12-04 02:06)

    1) simon님께서는 관련 기사를 아직 덜 읽어보신 듯 한데
  아이디진에서 발표한 내용을 보면 황우석 박사가 실험검증에 사용한 것과 동일한 회사에서 나온 동일한 키트를 사용했습니다.
  이 키트는 multiplex PCR 키트로서 유전자 감식에 사용되는 표준화된 method입니다.
  따라서 primer는 적절했습니다.
  
  2) 2005년 황우석 교수 실험에서는 사람세포를 feeder cell로 사용했습니다.  왜 MBC에 mouse feeder cell을 건냈는지는 저도 의문입니다.
  생쥐세포에서 뽑은 DNA를 가지고 사람의 유전자 지문을 확인하는 키트로 검사하면 결과가 안나오는 게 정상이고, 피디수첩 발표에서도 유전자가 검출되지 않았다고 했습니다.
  강교수의 인터뷰에서 feeder cell 5개가 서로 결과가 다르다고 했는데 이게 무슨 의미인지 잘 모르겠습니다.
  기자가 잘못 알아들었거나 피디수첩의 발표내용을 강교수가 잘못 이해하고 있는 건 아닌지 모르겠습니다.

  1) simon님께서는 관련 기사를 아직 덜 읽어보신 듯 한데 아이디진에서 발표한 내용을 보면 황우석 박사가 실험검증에 사용한 것과 동일한 회사에서 나온 동일한 키트를 사용했습니다. 이 키트는 multiplex PCR 키트로서 유전자 감식에 사용되는 표준화된 method입니다. 따라서 primer는 적절했습니다. 2) 2005년 황우석 교수 실험에서는 사람세포를 feeder cell로 사용했습니다. 왜 MBC에 mouse feeder cell을 건냈는지는 저도 의문입니다. 생쥐세포에서 뽑은 DNA를 가지고 사람의 유전자 지문을 확인하는 키트로 검사하면 결과가 안나오는 게 정상이고, 피디수첩 발표에서도 유전자가 검출되지 않았다고 했습니다. 강교수의 인터뷰에서 feeder cell 5개가 서로 결과가 다르다고 했는데 이게 무슨 의미인지 잘 모르겠습니다. 기자가 잘못 알아들었거나 피디수첩의 발표내용을 강교수가 잘못 이해하고 있는 건 아닌지 모르겠습니다.
• takara (05-12-04 02:29)

    황교수 논문과 동일한 키트라는 기사를 어디서 봤는데 다시 찾으려니 도저히 못찾겠습니다. 죄송합니다. 대신에 이런 기사는 있습니다.
  
  김 팀장은 "검사는 미국 ABI사의 키트와 분석장치를 이용해 수행됐고, 이는 현재 세계적으로 통용되는 방법"이라고 덧붙였다.
  
  황우석 교수의 2005년 사이언스 논문의 유전자 검사는 같은 회사의 identifiler라는 키트를 사용했습니다.

  황교수 논문과 동일한 키트라는 기사를 어디서 봤는데 다시 찾으려니 도저히 못찾겠습니다. 죄송합니다. 대신에 이런 기사는 있습니다. 김 팀장은 "검사는 미국 ABI사의 키트와 분석장치를 이용해 수행됐고, 이는 현재 세계적으로 통용되는 방법"이라고 덧붙였다. 황우석 교수의 2005년 사이언스 논문의 유전자 검사는 같은 회사의 identifiler라는 키트를 사용했습니다.
• Simon (05-12-04 02:48)

    ABI 머신 말고도 Thermal Cycler는 종류가 많아요.
  iCycler에서 나온 IQ system도 있고,
  Light Cycler도 있고,
  
  정확히 PCR 실험을 위해 사용했던 Genes of Interest의
  Intro/Exon boundary 즉, primer sequence, amplicon sequence
  를 보여주시면서 "이것이 우리가 증폭했던 부위이고 황박사팀 역시 그 부위를 증폭한 것이다"라고 제시하지 못하면,
  
  장비가 같고 kit가 같은 것은 별 의미 없는 얘기 아닌가 하고 이해됩니다.
  
  저도 IBM 머신에 똑같은 FEA tool인 Ansys 9.0 깔고,
  님도 IBM 머신에 똑같은 FEA tool인 Ansys 9.0 깔고, 시뮬레이션해도,
  
  결과는 다르게 나올 수 있는 것 아닙니까? 황교수가 사용한 identiflier라는 kit에는 동물 종에 관계없이 만능으로 작동하는 "universal primer"라도 포함되어 있는 것인지요? takara님을 공격하자는 것이 아니고, 제 미천한 지식/경험으로 잘 이해가 안되어 다는 답글 입니다. "막연하게 primer가 같았다고" 하시면, 그걸 믿는 다는게 좀 쉽지 않을 것 같아서 말입니다. takara님 말씀대로 kit도 같았고 primer도 같았고 다른 것도 동일한 방법이고 그랬다면...더더욱 면밀한 관심과 흥미를 느끼지 않을 수 없습니다.

  ABI 머신 말고도 Thermal Cycler는 종류가 많아요. iCycler에서 나온 IQ system도 있고, Light Cycler도 있고, 정확히 PCR 실험을 위해 사용했던 Genes of Interest의 Intro/Exon boundary 즉, primer sequence, amplicon sequence 를 보여주시면서 "이것이 우리가 증폭했던 부위이고 황박사팀 역시 그 부위를 증폭한 것이다"라고 제시하지 못하면, 장비가 같고 kit가 같은 것은 별 의미 없는 얘기 아닌가 하고 이해됩니다. 저도 IBM 머신에 똑같은 FEA tool인 Ansys 9.0 깔고, 님도 IBM 머신에 똑같은 FEA tool인 Ansys 9.0 깔고, 시뮬레이션해도, 결과는 다르게 나올 수 있는 것 아닙니까? 황교수가 사용한 identiflier라는 kit에는 동물 종에 관계없이 만능으로 작동하는 "universal primer"라도 포함되어 있는 것인지요? takara님을 공격하자는 것이 아니고, 제 미천한 지식/경험으로 잘 이해가 안되어 다는 답글 입니다. "막연하게 primer가 같았다고" 하시면, 그걸 믿는 다는게 좀 쉽지 않을 것 같아서 말입니다. takara님 말씀대로 kit도 같았고 primer도 같았고 다른 것도 동일한 방법이고 그랬다면...더더욱 면밀한 관심과 흥미를 느끼지 않을 수 없습니다.
• takara (05-12-04 02:58)

    simon님은 키트라는 게 뭔지 이해를 못하신 것 같군요.
  ABI의 thermal cycler가 아니라 PCR 키트입니다.
  이 키트에는 primer set가 들어있고, 이 키트로 유전자 지문이 증폭됩니다.
  그리고, 유전자 지문에 사용하는 locus는 microsatellite입니다.  exon도 intron도 아닌 noncoding sequence 입니다.
  이 locus들은 거의 완전히 표준화되어 있습니다.
  바이오벤처들과 국과수에서 사용하는 키트는 거의다 똑같습니다.
  이 키트에 들어있는 primer는 universal primer가 아니라 각각의 microsatellite marker를 증폭하기 위한 specific primer입니다.

  simon님은 키트라는 게 뭔지 이해를 못하신 것 같군요. ABI의 thermal cycler가 아니라 PCR 키트입니다. 이 키트에는 primer set가 들어있고, 이 키트로 유전자 지문이 증폭됩니다. 그리고, 유전자 지문에 사용하는 locus는 microsatellite입니다. exon도 intron도 아닌 noncoding sequence 입니다. 이 locus들은 거의 완전히 표준화되어 있습니다. 바이오벤처들과 국과수에서 사용하는 키트는 거의다 똑같습니다. 이 키트에 들어있는 primer는 universal primer가 아니라 각각의 microsatellite marker를 증폭하기 위한 specific primer입니다.
• takara (05-12-04 03:05)

    혹시 제 글이 의미가 모호할까봐 다시 설명드리면
  ABI의 키트라는 것 자체에 primer가 다 포함되어 있는 것이고
  그 primer만 사용해서 검사를 합니다.

  혹시 제 글이 의미가 모호할까봐 다시 설명드리면 ABI의 키트라는 것 자체에 primer가 다 포함되어 있는 것이고 그 primer만 사용해서 검사를 합니다.
• Simon (05-12-04 03:13)

    그 primer는 murine sample 이든 human sample 이든 공히 사용될 수있는 것인지요?

  그 primer는 murine sample 이든 human sample 이든 공히 사용될 수있는 것인지요?
• takara (05-12-04 03:18)

    Human sample에만 사용되죠.  인간의 유전자 지문 검출을 위한 키트라고 이미 말씀드린 듯 합니다만?  따라서 쥐의 유전자를 이 키트로 처리하면 PCR 반응이 안일어나서 결과가 안나오는 게 정상입니다.

  Human sample에만 사용되죠. 인간의 유전자 지문 검출을 위한 키트라고 이미 말씀드린 듯 합니다만? 따라서 쥐의 유전자를 이 키트로 처리하면 PCR 반응이 안일어나서 결과가 안나오는 게 정상입니다.
• Simon (05-12-04 03:22)

    따라서, 1개의 줄기 세포에서만 유의미한 결과가 나왔고
  5개의 쥐의 영양세포 샘플에서는 무의한 결과가 나왔던,
  PD 수첩의 검증은 제대로 된 것이다? 가 결론인지요?
  
  결국 황교수팀에서 "MBC 측 검증에 성실히 임하지 않았다"가 요지입니까?

  따라서, 1개의 줄기 세포에서만 유의미한 결과가 나왔고 5개의 쥐의 영양세포 샘플에서는 무의한 결과가 나왔던, PD 수첩의 검증은 제대로 된 것이다? 가 결론인지요? 결국 황교수팀에서 "MBC 측 검증에 성실히 임하지 않았다"가 요지입니까?
• takara (05-12-04 03:27)

    논리비약을 하고 계시네요.
  우선 피디수첩의 실험에서 포인트는 1개의 줄기세포가 의미있는 유전자형이 검출되었는데 그것이 사이언스 논문의 11개 줄기세포와 유전자 지문이 일치하지 않는다는 점입니다.
  나머지 4개 줄기세포는 PCR 자체가 잘 안된 걸로 보입니다.
  쥐의 영양세포 5개에서 무의미한 결과가 나온 것은 정상적인 결과입니다.
  이것을 가지고 황교수팀에서 검증에 성실히 임했는지 안했는지는 따질 일이 아니라고 생각됩니다.
  사이언스 2005년 논문에서는 사람 세포를 영양세포로 사용했으므로 쥐의 영양세포는 이번 유전자 지문 검증에서 아무런 의미도 없습니다.
  굳이 의미를 둔다면 negative control이죠.

  논리비약을 하고 계시네요. 우선 피디수첩의 실험에서 포인트는 1개의 줄기세포가 의미있는 유전자형이 검출되었는데 그것이 사이언스 논문의 11개 줄기세포와 유전자 지문이 일치하지 않는다는 점입니다. 나머지 4개 줄기세포는 PCR 자체가 잘 안된 걸로 보입니다. 쥐의 영양세포 5개에서 무의미한 결과가 나온 것은 정상적인 결과입니다. 이것을 가지고 황교수팀에서 검증에 성실히 임했는지 안했는지는 따질 일이 아니라고 생각됩니다. 사이언스 2005년 논문에서는 사람 세포를 영양세포로 사용했으므로 쥐의 영양세포는 이번 유전자 지문 검증에서 아무런 의미도 없습니다. 굳이 의미를 둔다면 negative control이죠.
• Simon (05-12-04 03:33)

    takara님 말씀을 듣고 보니,  님 말씀처럼,
  그 1개의 줄기 세포가 통계적으로 정말 유의미한 결과라면...
  얘기는 심각해 지는 걸요? 흠...
  
  황우석이 사기꾼일 확률이 "있다"는 얘기 아닙니까, 지금?

  takara님 말씀을 듣고 보니, 님 말씀처럼, 그 1개의 줄기 세포가 통계적으로 정말 유의미한 결과라면... 얘기는 심각해 지는 걸요? 흠... 황우석이 사기꾼일 확률이 "있다"는 얘기 아닙니까, 지금?
• takara (05-12-04 03:37)

    확률이 있습니다.
  저도 확신은 못하지만요.
  저는 개인적으로 황우석 측의 연구결과가 조작은 아닐거라고 생각을 해왔고, MBC에서 유의미한 결과 나왔다는 게 영양세포로 사용한 인간세포일 것이라고 생각했는데 이번에 준 샘플의 영양세포가 쥐 세포라면 이야기가 좀 달라지죠.
  어쨌든 달랑 한개가 유의미한 결과가 나왔고, 그나마 그 샘플도 3번 PCR해서 겨우 한번 결과가 나왔으므로 추가 검증 없이 황우석 교수의 연구를 가짜로 몰 수는 없습니다.
  하지만 피디수첩은 이미 언론이 할 수 있는 수준에서 충분한 의혹제기를 했고, 추가검증이 필요하다는 증거도 충분히 보여줬다고 생각합니다.

  확률이 있습니다. 저도 확신은 못하지만요. 저는 개인적으로 황우석 측의 연구결과가 조작은 아닐거라고 생각을 해왔고, MBC에서 유의미한 결과 나왔다는 게 영양세포로 사용한 인간세포일 것이라고 생각했는데 이번에 준 샘플의 영양세포가 쥐 세포라면 이야기가 좀 달라지죠. 어쨌든 달랑 한개가 유의미한 결과가 나왔고, 그나마 그 샘플도 3번 PCR해서 겨우 한번 결과가 나왔으므로 추가 검증 없이 황우석 교수의 연구를 가짜로 몰 수는 없습니다. 하지만 피디수첩은 이미 언론이 할 수 있는 수준에서 충분한 의혹제기를 했고, 추가검증이 필요하다는 증거도 충분히 보여줬다고 생각합니다.
• Simon (05-12-04 03:42)

    지금 님말씀대로 쥐의 영양세포는 그저 negative control라고 생각을 하니까...
  
  아 ... 살 떨립니다. 님이 틀렸기를 바랍니다. 허거걱.

  지금 님말씀대로 쥐의 영양세포는 그저 negative control라고 생각을 하니까... 아 ... 살 떨립니다. 님이 틀렸기를 바랍니다. 허거걱.
• takara (05-12-04 03:42)

    저도 제가 틀렸기를 바랍니다. 아멘.

  저도 제가 틀렸기를 바랍니다. 아멘.
• repeat (05-12-04 07:15)

    아 위에 질문했던 것에 대한 답이 여기 있네요. 감사합니다.

  아 위에 질문했던 것에 대한 답이 여기 있네요. 감사합니다.
• 지나가다가... (05-12-04 12:21)

    여기서 언급된 두가지 시약 모두 사실 '전혀' 실험의 목적과 상관없는 것이라는 것을 위의 생물학계열 전공자분들은 언급하지 않으시는 군요. 또 직업병이 도질까봐 그냥 넘어갑니다만.. 적어도 전공하시는 분들은 아는것 만큼만 쓰시길 바랍니다.  좀 무례한것 같지만 요즘 하도 인터넷에서 자신이 생물학 전공임을 내세워 - 대학원생에서 기초하는 의사들까지 다양하더군요 - 자신이 말하는 것이 진짜인양 써대는 분들이 많은데 실제로 글전체가 정확한 팩트로만 이루어진 것들은 제가 장담하건데 거의 없습니다. 비전공자 분들께 잘못된 내용을 전달하는 것같아 좀 그렇습니다.
  
  제가 요즘 왜 이러는지 모르겠네요..좀 한가하긴 하지만 하루에 두세시간씩 인터넷 할 형편은 아닌데.. 제발 황우석박사는 다른 연구한는 사람들을 위해서라도 빨리 결론을 내리길 바랍니다..
  
  원글의 질문으로 돌아가서..
  Trizol은 phenol과 guanidine-HCl을 섞어논겁니다. 주목적은 세포나 조직에서 DNA가 아닌 RNA를 뽑기 위해 사용하지만 상황에 따라서 DNA, RNA, Protein모두를 회수할 수 있습니다. '하지만' 이 시약은 DNA fingerprinting과는 전혀 관계없는 시약입니다.
  
  PFA (paraformaldehyde) 는 small molecule crosslinker입니다. 적절한 농도 (3.5-4%)로 적절한 시간 (세포의 경우는 10분 내외 조직은 4시간에서 하룻밤까지 다양)을 주고 처리했을때 세포 또는 조직을 효과적으로 고정시킬 수 있습니다. 따라서 이 시약은 애초 목적이 ISH, IHC, IF, FISH등등의 실험의 전처리에 있습니다. 역시 fingerprinting과는 아무 상관이 없는 시약입니다. 한가지 덧붙일것은 다른 목적의 실험을 위해 이 시약을 사용한 후에 이후 DNA검사
  가 꼭 필요하다면 어쩔수 없이 하게 되는 일이지 처음부터 넣어놓는 것은 그렇게 한쪽이나 그걸 그대로 보고있었던 쪽이나 창피하게 생각해야 될 일입니다.
  
  

  여기서 언급된 두가지 시약 모두 사실 '전혀' 실험의 목적과 상관없는 것이라는 것을 위의 생물학계열 전공자분들은 언급하지 않으시는 군요. 또 직업병이 도질까봐 그냥 넘어갑니다만.. 적어도 전공하시는 분들은 아는것 만큼만 쓰시길 바랍니다. 좀 무례한것 같지만 요즘 하도 인터넷에서 자신이 생물학 전공임을 내세워 - 대학원생에서 기초하는 의사들까지 다양하더군요 - 자신이 말하는 것이 진짜인양 써대는 분들이 많은데 실제로 글전체가 정확한 팩트로만 이루어진 것들은 제가 장담하건데 거의 없습니다. 비전공자 분들께 잘못된 내용을 전달하는 것같아 좀 그렇습니다. 제가 요즘 왜 이러는지 모르겠네요..좀 한가하긴 하지만 하루에 두세시간씩 인터넷 할 형편은 아닌데.. 제발 황우석박사는 다른 연구한는 사람들을 위해서라도 빨리 결론을 내리길 바랍니다.. 원글의 질문으로 돌아가서.. Trizol은 phenol과 guanidine-HCl을 섞어논겁니다. 주목적은 세포나 조직에서 DNA가 아닌 RNA를 뽑기 위해 사용하지만 상황에 따라서 DNA, RNA, Protein모두를 회수할 수 있습니다. '하지만' 이 시약은 DNA fingerprinting과는 전혀 관계없는 시약입니다. PFA (paraformaldehyde) 는 small molecule crosslinker입니다. 적절한 농도 (3.5-4%)로 적절한 시간 (세포의 경우는 10분 내외 조직은 4시간에서 하룻밤까지 다양)을 주고 처리했을때 세포 또는 조직을 효과적으로 고정시킬 수 있습니다. 따라서 이 시약은 애초 목적이 ISH, IHC, IF, FISH등등의 실험의 전처리에 있습니다. 역시 fingerprinting과는 아무 상관이 없는 시약입니다. 한가지 덧붙일것은 다른 목적의 실험을 위해 이 시약을 사용한 후에 이후 DNA검사 가 꼭 필요하다면 어쩔수 없이 하게 되는 일이지 처음부터 넣어놓는 것은 그렇게 한쪽이나 그걸 그대로 보고있었던 쪽이나 창피하게 생각해야 될 일입니다.
• 이봉춘 (05-12-04 12:28)

    위 Simon님과 takara님과의 대화를 유심히 지켜 보면서, 결론에 이르는 과정이 조금은 이해할 수가 없네요. 저의 공학적인 관점에서는 위의 대화의 최종 결론은 피디수첩의 실험은 '믿을 수 없다'로 생각되는데 두 분은 '확률이 있다' 로 대화를 끝맺음 하는 군요. 물론 재고의 여지는 남겨두었지만...
  
  그럼 저의 의문점을 제기하도록 하겠습니다.
  
  1. 조직의 고정화로 사용된 파라포름알데히드의 적절성에 대한 전개과정 입니다.
  처음 Simon님께서 의문을 제기 하셨는데, 이에 대한 takara님의 답변 과정과 Simon님의 수긍 과정이 이해가 되지 않습니다.
  
  takara님께서는 "제 생각에도 파라포름알데히드에 샘플을 넣은 것은 MBC의 실수입니다.
  하지만 고정액에 genomic DNA는 안들어가 있습니다.
  만약 들어가 있다면 오염된 불량품입니다.
  따라서 고정액에 불순물이 들어있을 것이라는 의심은 기우입니다." 라고 확언을 하셨는데, 여기서 'MBC의 실수'란 말과 '의심은 기우'란 말은 서로 상치가 되는 말입니다. 이것을 어떻게 이해해야 되는지?
  
   takara님께서는 "저도 파라포름알데히드는 사용해본 적이 없습니다만" 란 말로 미경험자의 입장이고, 여기에 파라포름알데히드란 고정액에 불순물이 들어가지 않았다는 어떠한 증거도 없는 상태에서 '의심은 기우' 라고 확언 하셨고, 이에 대해 Simon님께서는 별다른 이의를 제기하지는 않았네요.
  
  2. 한개 뿐인 유의미한 결과에 대한 신뢰성의 문제.
  
  takara님과 Simon님께서는 한개가 유의미한 결과에 대해서 상당한 의의를 두고 있는 듯 합니다. 
  
  위 글에서 논한 근거로는 takara님께서 말씀하신 "줄기세포가 아주 소량이었다면 고정액에 담근 뒤 PCR의 민감도가 다소 떨어질 수 있을 것입니다.
  그렇다고 해도 고정액에 담근 샘플의 유전자가 전혀 엉뚱한 유전자 지문을 보이는 것은 불가능합니다." 를 들 수가 있을 것 같습니다.
  
  그러나 takara님께서 "어쨌든 달랑 한개가 유의미한 결과가 나왔고, 그나마 그 샘플도 3번 PCR해서 겨우 한번 결과가 나왔으므로 추가 검증 없이 황우석 교수의 연구를 가짜로 몰 수는 없습니다." 라고 하셨는데,
  
  종합적으로는 '확률이 있다' 라고 결론을 내렸습니다.
  
  여기서 의문이 나옵니다. 다른 네개의 샘플에서는 판독이 불가능 했었고, 한개의 샘플에서만 겨우 판독을 하였습니다. 5개 샘플 중에서는 확률상으로 20% 이고, 판독된 샘플 중에서는 확률이 100% 가 나오네요.
  
  이 결과에 대해서 과학적으로는 상당한 의미를 주는지는 모르겠지만, 제가 가진 공학적 관점에서는 우선 '실패'로 규정됩니다.
  
  우선 판독되지 못한 4개의 샘플이 왜 그렇한 결과가 나오게 되었느냐? 라는 과정이 규명되어야 합니다. 이 과정이 규명되지 않은 이상은 어떻한 결과도 믿을 수가 없게 되는 거죠.
  
  5개의 샘플을 동일한 고정액, 동일한 키트, 동일한 primer를 사용했음에도 불구하고 왜 그러한 결과가 나오게 되었느냐를 규명하려면, 당연히 PCR 검증 과정의 오류는 없는가?, 검증자를 신뢰할 수 있는가?(위 두 분 박사님들도 어떤 부분에 있어서는 서로 견해를 달리하고 있고, 또 모르고 있는 부분도 있었죠?), 의 의문이 해결되어야 하고, 또한 1번에서 제기한 의문들이 해결되어야 합니다.
  
  한개의 샘플이 사이언스 논문의 11개 줄기세포와 유전자 지문이 일치하지 않는데, 왜 그러한 결과가 나오게 되었는지 그 과정도 규명되어야 한다고 봅니다.
  
  우선 논문의 11개 줄기세포와 동일한 줄기세포를 사용하여 검증을 했느냐? SImon님의 말씀에 따르면 자기가 배양한 세포는 자기 자식같이 여기고, 자기 품을 떠난 세포는 '쓰레기'로 밖에 여기지 않는데, 과연 황교수팀이 동일한 배양상태의 동일한 줄기세포로 된 제대로 된 세포를 검증용으로 주었겠느냐? 가 의문이네요.
  
  
  결론적으로 과학적 사고로는 성공한 한개의 샘플을 더 중요시 할지는 모릅니다만, 공학적 관점에서는 실패한 4개의 샘플을 더 중요시 합니다.
  
  이것을 어떻게 받아들여야할지... 일반인들은 또 어떻게 받아들일지 모르겠네요.
  

  위 Simon님과 takara님과의 대화를 유심히 지켜 보면서, 결론에 이르는 과정이 조금은 이해할 수가 없네요. 저의 공학적인 관점에서는 위의 대화의 최종 결론은 피디수첩의 실험은 '믿을 수 없다'로 생각되는데 두 분은 '확률이 있다' 로 대화를 끝맺음 하는 군요. 물론 재고의 여지는 남겨두었지만... 그럼 저의 의문점을 제기하도록 하겠습니다. 1. 조직의 고정화로 사용된 파라포름알데히드의 적절성에 대한 전개과정 입니다. 처음 Simon님께서 의문을 제기 하셨는데, 이에 대한 takara님의 답변 과정과 Simon님의 수긍 과정이 이해가 되지 않습니다. takara님께서는 "제 생각에도 파라포름알데히드에 샘플을 넣은 것은 MBC의 실수입니다. 하지만 고정액에 genomic DNA는 안들어가 있습니다. 만약 들어가 있다면 오염된 불량품입니다. 따라서 고정액에 불순물이 들어있을 것이라는 의심은 기우입니다." 라고 확언을 하셨는데, 여기서 'MBC의 실수'란 말과 '의심은 기우'란 말은 서로 상치가 되는 말입니다. 이것을 어떻게 이해해야 되는지? takara님께서는 "저도 파라포름알데히드는 사용해본 적이 없습니다만" 란 말로 미경험자의 입장이고, 여기에 파라포름알데히드란 고정액에 불순물이 들어가지 않았다는 어떠한 증거도 없는 상태에서 '의심은 기우' 라고 확언 하셨고, 이에 대해 Simon님께서는 별다른 이의를 제기하지는 않았네요. 2. 한개 뿐인 유의미한 결과에 대한 신뢰성의 문제. takara님과 Simon님께서는 한개가 유의미한 결과에 대해서 상당한 의의를 두고 있는 듯 합니다. 위 글에서 논한 근거로는 takara님께서 말씀하신 "줄기세포가 아주 소량이었다면 고정액에 담근 뒤 PCR의 민감도가 다소 떨어질 수 있을 것입니다. 그렇다고 해도 고정액에 담근 샘플의 유전자가 전혀 엉뚱한 유전자 지문을 보이는 것은 불가능합니다." 를 들 수가 있을 것 같습니다. 그러나 takara님께서 "어쨌든 달랑 한개가 유의미한 결과가 나왔고, 그나마 그 샘플도 3번 PCR해서 겨우 한번 결과가 나왔으므로 추가 검증 없이 황우석 교수의 연구를 가짜로 몰 수는 없습니다." 라고 하셨는데, 종합적으로는 '확률이 있다' 라고 결론을 내렸습니다. 여기서 의문이 나옵니다. 다른 네개의 샘플에서는 판독이 불가능 했었고, 한개의 샘플에서만 겨우 판독을 하였습니다. 5개 샘플 중에서는 확률상으로 20% 이고, 판독된 샘플 중에서는 확률이 100% 가 나오네요. 이 결과에 대해서 과학적으로는 상당한 의미를 주는지는 모르겠지만, 제가 가진 공학적 관점에서는 우선 '실패'로 규정됩니다. 우선 판독되지 못한 4개의 샘플이 왜 그렇한 결과가 나오게 되었느냐? 라는 과정이 규명되어야 합니다. 이 과정이 규명되지 않은 이상은 어떻한 결과도 믿을 수가 없게 되는 거죠. 5개의 샘플을 동일한 고정액, 동일한 키트, 동일한 primer를 사용했음에도 불구하고 왜 그러한 결과가 나오게 되었느냐를 규명하려면, 당연히 PCR 검증 과정의 오류는 없는가?, 검증자를 신뢰할 수 있는가?(위 두 분 박사님들도 어떤 부분에 있어서는 서로 견해를 달리하고 있고, 또 모르고 있는 부분도 있었죠?), 의 의문이 해결되어야 하고, 또한 1번에서 제기한 의문들이 해결되어야 합니다. 한개의 샘플이 사이언스 논문의 11개 줄기세포와 유전자 지문이 일치하지 않는데, 왜 그러한 결과가 나오게 되었는지 그 과정도 규명되어야 한다고 봅니다. 우선 논문의 11개 줄기세포와 동일한 줄기세포를 사용하여 검증을 했느냐? SImon님의 말씀에 따르면 자기가 배양한 세포는 자기 자식같이 여기고, 자기 품을 떠난 세포는 '쓰레기'로 밖에 여기지 않는데, 과연 황교수팀이 동일한 배양상태의 동일한 줄기세포로 된 제대로 된 세포를 검증용으로 주었겠느냐? 가 의문이네요. 결론적으로 과학적 사고로는 성공한 한개의 샘플을 더 중요시 할지는 모릅니다만, 공학적 관점에서는 실패한 4개의 샘플을 더 중요시 합니다. 이것을 어떻게 받아들여야할지... 일반인들은 또 어떻게 받아들일지 모르겠네요.
• Simon (05-12-04 12:56)

    트리졸/포름알데히드에 관해 "의구심"을 제기한 것은 제가 처음이 아니고 BRIC 원글을 질문을 보고 저도 한번 생각해 본 것입니다. 더구나 저는 MBC 측에서 세포 샘플을
  
  "포름알데히드(고정액)에 넣어 운반한 것"으로 오해했는데,
  위 SMNcomplext님의 답글 및 회게에 안기영님이 링크거신 KBS보니
  "파라포름알데히드(역시 고정액)에 넣어 운반한 것"이 더 정확합니다.
  
  아울러, 한개 뿐인 유의미한 결과에 관해서는...
  
  takara님이나 저나 (아마도) 그게 통계적으로 의미가 있으려면은,
  여러번 반복을 해서 triplicate 혹은 그 이상을 반복한 후에도,
  standard deviation도 낮고, 소위 말하는 p value도 0.05 든 그 이하값이라
  
  "Statistically Significant"하다는 결론을 과학적으로 내기전까지는 장담 못합니다. 다만, 다만 말입니다.
  
  takara님 지적하신대로 "비록 현재로서는 1개의 샘플 결과이긴 하지만"
  그게 만일 반복성이 있고, 그게 만일 "통계적으로도 정말 유의미하다면"
  따라서, 황우석 연구팀이 배양한 줄기 세포가 발표 논문의 것과 통계적으로 다르다면, "황은 과학적으로도 거짓말한 것"이 된다는 것입니다.
  
  "내 자식 같은 세포 운운한 것"은 저의 비유법에 지나지 않고요,
  황우석 연구팀이 MBC 측에 적극적으로/성실히 검증에 임했는지 여부는
  저도, takara님도, 그 누구도 확신할 수는 없는 실정입니다.
  
  이 시점에서 아쉬운 것이 있다면, 황우석 연구팀은
  
  1) Evidence of a pluripotent human embryonic stem cell line derived from a cloned blastocyst라는 제목으로 Science (2004)에,
  
  2) Patient-specific embryonic stem cells derived from human SCNT blastocysts 라는 제목으로 다시 Science (2005)에, 그리고,
  
  3) 동일 제목의 Patient-Specific Embryonic Stem Cells Derived From Human SCNT Blastocysts 라는 타이틀로 Obstet Gynecol Surv. (2005)
  
  이렇게 세 편의 관련 논문을 발표한 바 있습니다. 위 세 편의 실험 방법 중
  
  가장 최근의 것인 3)과 2)번 논문의 경우는 분명히 feeder cell이
  지금 MBC에 건네준 쥐 (mouse)가 아니고, human feeder cell 인데,
  우리가 문제 삼고 있는 2004년 Science의 최초 논문 (상기 1번)은,
  feeder cell을 역시 human으로 했는지, 아니면 mouse 였는지
  
  저로서는 (찾기 귀찮아서) 알 수가 없는 노릇이고요.
  MBC에 cell을 줄 때 feeder cell도 human의 것을 주었다면,
  훨씬 더 바람직하고 "안전한" 검증이 되는데 도움이 되었을 것이라고
  토를 달고 싶습니다.
  
  거듭 말씀드립니다만, 제가 생각하는 것을 그저 미천한 지식으로 말씀드리는 것이니, 제 말을 전적으로 의존하지는 말아 주십시오. 오히려, 황교수 팀이 국제 학계에 내었던 논문들을 꼼꼼하게, 제목이나 초록이더라도 pubmed나 medline DB 통해서 한번 검색해 보실 것을 권고합니다.
  
  그 양반들이, 비단 Science에만 논문을 냈던 것은 아닙니다. 그것은 많은 것을 시사하고 있으며, 이 긴 논란의 파장이 얼마나 클지도 반증하고 있다고 보여집니다. 답글 하나 다는 것이 매우 조심스럽기도 하고요.

  트리졸/포름알데히드에 관해 "의구심"을 제기한 것은 제가 처음이 아니고 BRIC 원글을 질문을 보고 저도 한번 생각해 본 것입니다. 더구나 저는 MBC 측에서 세포 샘플을 "포름알데히드(고정액)에 넣어 운반한 것"으로 오해했는데, 위 SMNcomplext님의 답글 및 회게에 안기영님이 링크거신 KBS보니 "파라포름알데히드(역시 고정액)에 넣어 운반한 것"이 더 정확합니다. 아울러, 한개 뿐인 유의미한 결과에 관해서는... takara님이나 저나 (아마도) 그게 통계적으로 의미가 있으려면은, 여러번 반복을 해서 triplicate 혹은 그 이상을 반복한 후에도, standard deviation도 낮고, 소위 말하는 p value도 0.05 든 그 이하값이라 "Statistically Significant"하다는 결론을 과학적으로 내기전까지는 장담 못합니다. 다만, 다만 말입니다. takara님 지적하신대로 "비록 현재로서는 1개의 샘플 결과이긴 하지만" 그게 만일 반복성이 있고, 그게 만일 "통계적으로도 정말 유의미하다면" 따라서, 황우석 연구팀이 배양한 줄기 세포가 발표 논문의 것과 통계적으로 다르다면, "황은 과학적으로도 거짓말한 것"이 된다는 것입니다. "내 자식 같은 세포 운운한 것"은 저의 비유법에 지나지 않고요, 황우석 연구팀이 MBC 측에 적극적으로/성실히 검증에 임했는지 여부는 저도, takara님도, 그 누구도 확신할 수는 없는 실정입니다. 이 시점에서 아쉬운 것이 있다면, 황우석 연구팀은 1) Evidence of a pluripotent human embryonic stem cell line derived from a cloned blastocyst라는 제목으로 Science (2004)에, 2) Patient-specific embryonic stem cells derived from human SCNT blastocysts 라는 제목으로 다시 Science (2005)에, 그리고, 3) 동일 제목의 Patient-Specific Embryonic Stem Cells Derived From Human SCNT Blastocysts 라는 타이틀로 Obstet Gynecol Surv. (2005) 이렇게 세 편의 관련 논문을 발표한 바 있습니다. 위 세 편의 실험 방법 중 가장 최근의 것인 3)과 2)번 논문의 경우는 분명히 feeder cell이 지금 MBC에 건네준 쥐 (mouse)가 아니고, human feeder cell 인데, 우리가 문제 삼고 있는 2004년 Science의 최초 논문 (상기 1번)은, feeder cell을 역시 human으로 했는지, 아니면 mouse 였는지 저로서는 (찾기 귀찮아서) 알 수가 없는 노릇이고요. MBC에 cell을 줄 때 feeder cell도 human의 것을 주었다면, 훨씬 더 바람직하고 "안전한" 검증이 되는데 도움이 되었을 것이라고 토를 달고 싶습니다. 거듭 말씀드립니다만, 제가 생각하는 것을 그저 미천한 지식으로 말씀드리는 것이니, 제 말을 전적으로 의존하지는 말아 주십시오. 오히려, 황교수 팀이 국제 학계에 내었던 논문들을 꼼꼼하게, 제목이나 초록이더라도 pubmed나 medline DB 통해서 한번 검색해 보실 것을 권고합니다. 그 양반들이, 비단 Science에만 논문을 냈던 것은 아닙니다. 그것은 많은 것을 시사하고 있으며, 이 긴 논란의 파장이 얼마나 클지도 반증하고 있다고 보여집니다. 답글 하나 다는 것이 매우 조심스럽기도 하고요.
• 지나가다가... (05-12-04 13:20)

    집에 가려다가 다시... 이거 정말 병이 맞는거 같네요...인터넷중독이라는게 있다더니..
  feeder cell이 human이 아닌 mouse를 쓴것에 대해 의문이 생기는 분들이 많은것 같아 덧붙입니다. 실험의 목적 - DNA fingerprinting- 에 맞는 유의미한 결과를 얻기 위해서는 마우스 피더셀에서 키우는 것이 맞습니다. 만약 휴먼것을 사용했다면 현실적으로 feeder/stem cell separation이
  완벽하게 이루어질 가능성이 적기때문에 DNA추출과정에서 cross-contamination이 일어나게 됩니다. 만약에 사람세포를 피더로 썼다면 - fingerprinting 결과는 아마 전혀 다른 형태로 나왔을겁니다. 각각의 환자에서 유래된 피더를 맞추어서 썼다면 전부다 일치하는 것으로 나왔겠죠..
  
  덧붙여 이봉춘님의 의문에 생물학 하는 입장에서 방어를 한다면 생물학실험에는 100%라는게 없습니다. 물론 5개중에 하나만 제대로 된 결과가 나오고 나머지 4개는 실험이 안되었다면, 실험이 제대로 된것이냐에 대한 의문은 당연할겁니다. 하지만 이번경우는 각각의 샘플의 비교의 대상이 독립적입니다. 또 비교할 대상이 이미 정해져 있습니다. 즉 하나라도 제대로 된 결과가 나왔고 그것이 이미 발표된것과 다르게 나왔다면 의심을 해야 한다가 생물학 하는 사람이라면 당연히 가져야 할 입장입니다. 아마 이건 다른 분야의 분들에게는 정말 이해시키기 어려운 문제일겁니다.

  집에 가려다가 다시... 이거 정말 병이 맞는거 같네요...인터넷중독이라는게 있다더니.. feeder cell이 human이 아닌 mouse를 쓴것에 대해 의문이 생기는 분들이 많은것 같아 덧붙입니다. 실험의 목적 - DNA fingerprinting- 에 맞는 유의미한 결과를 얻기 위해서는 마우스 피더셀에서 키우는 것이 맞습니다. 만약 휴먼것을 사용했다면 현실적으로 feeder/stem cell separation이 완벽하게 이루어질 가능성이 적기때문에 DNA추출과정에서 cross-contamination이 일어나게 됩니다. 만약에 사람세포를 피더로 썼다면 - fingerprinting 결과는 아마 전혀 다른 형태로 나왔을겁니다. 각각의 환자에서 유래된 피더를 맞추어서 썼다면 전부다 일치하는 것으로 나왔겠죠.. 덧붙여 이봉춘님의 의문에 생물학 하는 입장에서 방어를 한다면 생물학실험에는 100%라는게 없습니다. 물론 5개중에 하나만 제대로 된 결과가 나오고 나머지 4개는 실험이 안되었다면, 실험이 제대로 된것이냐에 대한 의문은 당연할겁니다. 하지만 이번경우는 각각의 샘플의 비교의 대상이 독립적입니다. 또 비교할 대상이 이미 정해져 있습니다. 즉 하나라도 제대로 된 결과가 나왔고 그것이 이미 발표된것과 다르게 나왔다면 의심을 해야 한다가 생물학 하는 사람이라면 당연히 가져야 할 입장입니다. 아마 이건 다른 분야의 분들에게는 정말 이해시키기 어려운 문제일겁니다.
• 이봉춘 (05-12-04 13:20)

    Simon님 답글 주셔서 감사합니다. 저 같은 비전공자의 입장에서는 Simon님의 지식은 '미천한 지식' 정도가 아니라 상당히 '가치 있는 지식' 입니다. ^^ 스스로 겸손하지 않으셔도 됩니다.
  
  그런데 저와 같은 비전공자들이야말로 전공도 아닌 수박겉핧기보다 못한 미천한 지식으로 논문들을 열람하고 사이트를 열람하고 DB를 검색한다고 해서 얼마나 이해를 할 수가 있겠습니까?
  
  SImon님과 같은 전공자들의 말씀은 하나같이 귀중한 참고자료로서, 그것을 판단의 근거를 삼아서 많이 부족하지만 나름대로의 결론을 내리게 되는 거죠.
  
  더구나 SImon님께서는 파란아이디이시니 더욱 신뢰할 수밖에요. (^^ 평소 님의 글을 애독하고 있습니다.)
  
  그럼에도 불구하고 의문이 드는 것은, 어쩝니까? 다시 질문 할 수밖에요. 그것이 오독과 난독을 줄이고 몰이해 하는데 있어서 더 도움이 되지 않겠습니까?
  
  앞으로도 좋은글 많이 부탁합니다.

  Simon님 답글 주셔서 감사합니다. 저 같은 비전공자의 입장에서는 Simon님의 지식은 '미천한 지식' 정도가 아니라 상당히 '가치 있는 지식' 입니다. ^^ 스스로 겸손하지 않으셔도 됩니다. 그런데 저와 같은 비전공자들이야말로 전공도 아닌 수박겉핧기보다 못한 미천한 지식으로 논문들을 열람하고 사이트를 열람하고 DB를 검색한다고 해서 얼마나 이해를 할 수가 있겠습니까? SImon님과 같은 전공자들의 말씀은 하나같이 귀중한 참고자료로서, 그것을 판단의 근거를 삼아서 많이 부족하지만 나름대로의 결론을 내리게 되는 거죠. 더구나 SImon님께서는 파란아이디이시니 더욱 신뢰할 수밖에요. (^^ 평소 님의 글을 애독하고 있습니다.) 그럼에도 불구하고 의문이 드는 것은, 어쩝니까? 다시 질문 할 수밖에요. 그것이 오독과 난독을 줄이고 몰이해 하는데 있어서 더 도움이 되지 않겠습니까? 앞으로도 좋은글 많이 부탁합니다.
• Simon (05-12-04 13:27)

    지나가다님/ 고견 감사드립니다. 많이 배웠습니다.

  지나가다님/ 고견 감사드립니다. 많이 배웠습니다.
• 이봉춘 (05-12-04 13:46)

    지나가다님 설명해 주셔서 감사합니다. '각각 샘플의 비교 대상이 독립적' 이었군요.
  
  그럼에도 의문은 남습니다. 다른 4개는 왜 판독 못했을까요? 비록 '각각 샘플의 비교 대상이 독립적'일지라도 5개의 샘플 모두를 판독할 수 있었어야, 검증이 제대로 되었다고 해야하지 않을지?
  
  
  또 하나의 의문은
  
  생물학 전공자로 보이시는 -_-:님의 말씀 중에 "그냥 통상적으로 해보지 않은 이상은 non-specific 한 것도 일관되게 뜬다고 생각할 수도 있습니다. 쥐세포를 사람 킷을 써서해도 제대로 나오진 않아도 일관되게 나올 거라고 생각해 볼 수도 있다는 것이죠.. 그런데 그 반대로 일관되지 않게 나올거라고도 생각해 볼 수 있습니다. 실제로 실험할 때마다 그런 현상이 보이거든요... 즉 그냥 무의미한 것입니다. 제가 직접 해봐서 일관되지 않게 나온다는 것을 보지 않는 이상 강교수의 말이 틀렸다고 하기도 어렵지만 맞는 말이라고 보기도 어렵습니다. " 란 댓글이 있습니다.
  
  이 말대로라면, 검증 결과에 대하여 전혀 신뢰를 할 수가 없게 되는 군요.
  
  뿐만 아니라 황박사의 실험 자체도 '일관성'이라는 측면에서는 그저 '확률이 많다.'로 이해 되는데,
  
  그렇다면 겨우 몇십개의 샘플로 검증한다는 것은 무리한 것은 아닐런지요?

  지나가다님 설명해 주셔서 감사합니다. '각각 샘플의 비교 대상이 독립적' 이었군요. 그럼에도 의문은 남습니다. 다른 4개는 왜 판독 못했을까요? 비록 '각각 샘플의 비교 대상이 독립적'일지라도 5개의 샘플 모두를 판독할 수 있었어야, 검증이 제대로 되었다고 해야하지 않을지? 또 하나의 의문은 생물학 전공자로 보이시는 -_-:님의 말씀 중에 "그냥 통상적으로 해보지 않은 이상은 non-specific 한 것도 일관되게 뜬다고 생각할 수도 있습니다. 쥐세포를 사람 킷을 써서해도 제대로 나오진 않아도 일관되게 나올 거라고 생각해 볼 수도 있다는 것이죠.. 그런데 그 반대로 일관되지 않게 나올거라고도 생각해 볼 수 있습니다. 실제로 실험할 때마다 그런 현상이 보이거든요... 즉 그냥 무의미한 것입니다. 제가 직접 해봐서 일관되지 않게 나온다는 것을 보지 않는 이상 강교수의 말이 틀렸다고 하기도 어렵지만 맞는 말이라고 보기도 어렵습니다. " 란 댓글이 있습니다. 이 말대로라면, 검증 결과에 대하여 전혀 신뢰를 할 수가 없게 되는 군요. 뿐만 아니라 황박사의 실험 자체도 '일관성'이라는 측면에서는 그저 '확률이 많다.'로 이해 되는데, 그렇다면 겨우 몇십개의 샘플로 검증한다는 것은 무리한 것은 아닐런지요?